Η Γενική Διεύθυνση έχει την ευθύνη της προετοιμασίας του μακροπρόθεσμου σχεδιασμού και προγραμματισμού του κέντρου. Εποπτεύει όλες τις Διευθύνσεις, οι οποίες αναφέρονται απευθείας σε αυτήν, ως υπεύθυνη για τον σχεδιασμό και την συνολική εποπτεία της λειτουργίας του κέντρου, καθώς και την παρακολούθηση της κατάστασης επίτευξης των στόχων που έχουν τεθεί από τη Διοίκηση, στην οποία με την σειρά της αναφέρεται μέσω του Διευθύνοντος Συμβούλου, ενημερώνοντας για την εξέλιξη της πορείας.

Η Διεύθυνση Ευρωπαϊκών & Εθνικών Προγραμμάτων αποσκοπεί στην ενεργό συμμετοχή του Φορέα στη διαχείριση  Ευρωπαϊκών και Εθνικών προγραμμάτων και στην ενημέρωση των τμημάτων όσον αφορά προγράμματα που πρόκειται να προκηρυχθούν.

Στην Διεύθυνση συμβουλευτικής υποστήριξης αναφέρονται οι τέσσερις κύριοι τομείς του κέντρου. Το έργο της διεύθυνσης είναι η επιστημονική δουλειά και ο καθρέπτης του κέντρου που εκπέμπει το στίγμα και μεταφέρει με την πρώτη ουσιαστική επαφή, την εμπιστοσύνη, για την όποια επικείμενη συνεργασία σε όλους τους τομείς των δραστηριοτήτων του κέντρου. Οι βασικοί στόχοι της διεύθυνσης συμβουλευτικής υποστήριξης αποτελούν, η λειτουργία του BIC και της θερμοκοιτίδας, ο μακροπρόθεσμος προγραμματισμός, ο σχεδιασμός, αλλά και ο έλεγχος των υποστηρικτικών λειτουργιών, καθώς και ο πλήρης λειτουργικός έλεγχος των επιμέρους τμημάτων.

Η Διεύθυνση Εκπαίδευσης & Κατάρτισης έχει ως αντικείμενο την οργάνωση και διεξαγωγή ολοκληρωμένων επιμορφωτικών προγραμμάτων που αφορούν την εκπαίδευση και κατάρτιση του προσωπικού του φορέα αλλά και στελεχών επιχειρήσεων και ιδιωτών που έχουν απευθυνθεί για εκπαίδευση στο B.I.C. Κρήτης.

Κύρια αρμοδιότητα της Εμπορικής Διεύθυνσης είναι η διαμόρφωση και εφαρμογή της εμπορικής πολιτικής και Marketing καθώς και της οικονομικής πολιτικής του κέντρου, για τις οποίες συμμετέχει στην θέσπιση των μακροχρόνιων στόχων και στρατηγικής, με συστηματική παροχή ενημερωτικού υλικού προς τη Διοίκηση. Είναι επιφορτισμένη και υπεύθυνη σε θέματα διαχείρισης προμηθειών, καθώς και με τη οικονομική παρακολούθηση και είναι υπεύθυνη για την διαμόρφωση ορθολογικού συστήματος κοστολόγησης, ώστε να παράγεται έγκαιρη και ορθή προϋπολογιστική και απολογιστική πληροφόρηση, όπως και για την φοροτεχνική παρακολούθηση και ενημέρωση.

Η Διεύθυνση Παραρτημάτων είναι υπεύθυνη για τον συντονισμό και την σωστή λειτουργία των παραρτημάτων του φορέα. Λειτουργεί συντονιστικά έτσι ώστε τα παραρτήματα να λειτουργούν με κοινή πολιτική.

Η Διεύθυνση Ανθρώπινου Δυναμικού είναι αρμόδια για τα θέματα του προσωπικού, αξιολόγησης τη στελέχωση των τμημάτων του φορέα. Ευθύνεται για την δημιουργία του πλαισίου ορθολογικής διαχείρισης του ανθρώπινου δυναμικού του Κέντρου και την παρακολούθηση της πολιτικής για την διοίκηση του προσωπικού του Φορέα. Επίσης, η Διεύθυνση Ανθρώπινου Δυναμικού είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και τη βέλτιστη αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού του Β.Ι.C. Κρήτης μέσα από την αναζήτηση και τον εντοπισμό των εκπαιδευτικών αναγκών και την επιμόρφωση – κατάρτισή του.

Η Διεύθυνση Δημοσίων σχέσεων Επικοινωνίας & Ενημέρωσης αποσκοπεί στην ανάπτυξη και οργάνωση των δημοσίων σχέσεων κατά τη λειτουργία και εκπλήρωση της αποστολής του Φορέα. Μεριμνά για τον προγραμματισμό και την οργάνωση της προβολής στη δημοσιότητα των δραστηριοτήτων του Φορέα, ενώ είναι υπεύθυνη για την οργάνωση ενημερωτικών ημερίδων, εκτύπωση ενημερωτικών εντύπων που αφορούν δραστηριότητες του B.I.C. Κρήτης, συνεργασία με ΜΜΕ.